מבקר המדינה פרסם ביום 8.5.2018, במסגרת דו"ח הביקורת השנתי, פרק בעניין מבקשי מקלט. כמו כן פורסם דו"ח מעקב, בהמשך לדו"ח משנת 2014, העוסק ב"זרים שאינם בני הרחקה".
במסגרת הפרק העוסק במבקשי מקלט, מבקר המדינה ביקר, בין השאר, את משך הטיפול בבקשות מקלט; את העיכובים בטיפול בבקשות מקלט שהגישו "זרים שאינם בני הרחקה" (כלומר אזרחי אריתריאה וסודן); את הפרת חובת ההגינות שבשינוי מדיניות משרד הפנים ביחס לדחיית בקשות מקלט של אזרחי סודן ואריתריאה שהוגשו בשיהוי; את הפגיעה החמורה בזכויותיהם של מבקשי מקלט תושבי דרפור שבקשותיהם אינן מוכרעות (תוך הדגשה כי מתן מעמד מטעמים הומניטריים לכמה מאות מהם אינו נותן מענה לפגיעה זו); את הדרת נציגי נציבות האו"ם לפליטים מדיוני הוועדה המייעצת לענייני פליטים; את התנאים הפיזיים במתקני רשות האוכלוסין וההגירה שבהם מטופלים מבקשי מקלט; ואת אי מילוי התקנים לעובדים ביחידת הטיפול במבקשי מקלט.
במסגרת דו"ח המעקב בעניין "זרים שאינם בני הרחקה" מבקר המדינה ביקר את העובדה שטרם נמצא פתרון חלופי להסדר אי האכיפה ואת העובדה שהיועץ המשפטי לממשלה טרם בחן אם הסדר זה מתיישב עם חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו ועם הדין הבינלאומי; את העובדה שטרם הסתיימה בחינת השאלה אם ההסדרים הקיימים מבטיחים מינימום של אמצעים חומריים שיאפשרו לנזקקים ולחלשים מבין ה"זרים" להתקיים בחברה; את אי-גיבושה של מדיניות בענייני בריאות ורווחה ביחס לאוכלוסייה זו; את הטיפול ב"זרים" שהם קורבנות עינויים; ואת העדר גיבוש של מדיניות כוללת בעניין "זרים שאינם בני הרחקה".