בעוד שאמנת הפליטים לא אומצה במפורש בחקיקת הכנסת, מדינת ישראל אשררה את האמנה  ואת הפרוטוקול הנלווה לה. משרד הפנים ובתי המשפט בישראל מתייחסים לאמנה כמחייבת את מדינת ישראל. משרד הפנים פרסם בשנת 2011 נוהל הנוגע לטיפול בבקשות מקלט.

דברי חקיקה רלוונטיים אחרים כוללים את חוק הכניסה לישראל, תשי"ב-1952. התיקון משנת 2012 לחוק למניעת הסתננות אפשר מעצר של מבקשי מקלט שנכנסו למדינת ישראל ללא היתר לפרק זמן של שלוש שנים ואף יותר. בחודש ספטמבר 2013 בית המשפט העליון קבע כי מעצר "מסתננים", ובהם מבקשי מקלט, לפרק זמן של שלוש שנים מנוגד להוראות חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו ואינו חוקתי, וביטל את התיקון. בסוף חודש נובמבר 2013, נחקק תיקון נוסף לחוק למניעת הסתננות, שהתיר מעצר של מבקשי מקלט לפרק זמן של עד שנה והחזקה במתקן "פתוח" לפרק זמן בלתי מוגבל. חוק זה נפסל אף הוא על ידי בית המשפט העליון בחודש ספטמבר 2014. תיקון שלישי לחוק, שהתקבל לאחר מכן, העמיד את תקופת המעצר של "מסתננים" על פרק זמן של שלושה חודשים, וקבע כי ניתן להחזיקם במתקן ה"פתוח" לפרק זמן של עד 20 חודשים. בית המשפט העליון פסל בחודש אוגוסט 2015, בפעם השלישית, הוראות מסוימות בחוק למניעת הסתננות, וקבע כי החזקת "מסתננים" במתקן ה"פתוח" לפרק זמן של 20 חודשים אינה חוקתית. בית המשפט השעה את בטלות החוק לפרק זמן של חצי שנה, שבמהלכה נקבע כי המדינה אינה רשאית להחזיק "מסתננים" במתקן לפרק זמן העולה על שנה.

קיימות סיבות רבות ומגוונות לכך שאנשים עוזבים את מדינת מוצאם,  ובהן בריחה מרצח עם, מלחמות, אלימות כללית, אסונות טבע, עוני ורדיפה. סיבות נוספות עשויות להיות איחוד עם בני משפחה, רכישת השכלה או שילוב של סיבות אלו. אריתריאה, למשל, נחשבת לאחת המדינות בעלות המשטר המדכא והדיקטטורי ביותר בעולם – ישנן דתות הנחשבות באריתריאה לבלי חוקיות; השירות הצבאי במדינה נעשה בתנאים פוגעניים ואין לו מועד סיום, ותופעות של ניצול מיני של חיילות והתעללות מינית בהן הן רווחות; תושבי המדינה המתנגדים למדיניות הממשלה מסתכנים במאסר, עינויים ומוות; ומי שיצא מן המדינה ללא היתר והוא בגיל גיוס החובה צפוי לענישה קשה, ובכלל זה למאסר בתנאים בלתי אנושיים, עינויים ואף הוצאה להורג. מבקשי מקלט רבים מסודן נמלטים מרצח עם, אלימות אתנית או מלחמה אזרחית. בנוסף לכך, חלק ממבקשי המקלט בישראל  ברחו מדיכוי ומרדיפה בחוף השנהב, סומליה, גינאה, ליבריה, קונגו, קולומביה, המזרח הרחוק ומדינות נוספות.

מבקשי מקלט רבים שהגיעו ממדינות אפריקה באים לישראל מכיוון שישראל  הינה המדינה הדמוקרטית היחידה הנגישה לאפריקה במסלול דרך היבשה. במדינות שכנות הם נתונים לרדיפה ולסכנה של גירוש לאצות מוצאם. אחרים הגיעו לישראל בניגוד לרצונם בשל התעללות וסחיטה על ידי סוחרים.

מרבית מבקשי המקלט הסתייעו במבריחים בדואים על מנת לחצות את הגבול לישראל דרך מצרים. ממסמך שפורסם על ידי ארגון רופאים לזכויות אדם בחודש פברואר 20111, עולה כי מעל ל-50% מתוך 284 מבקשי מקלט שרואיינו בקליניקה הפתוחה של הארגון במשך זמן נתון דיווחו על עינויים קשים בסיני בדרכם לישראל. המבריחים הבדואים כובלים, מענים ואונסים מהגרים אפריקאים על מנת לקבל כופר מבני משפחותיהם. בנוסף, הצבא המצרי עוצר חלק ממבקשי המקלט או יורה בהם.כתוצאה מכך רבים נפצעים או נרצחים בדרכם לישראל.

הגדרת המונח "פליט" באמנה בדבר מעמדם של פליטים  אינה כוללת יסוד המתייחס לדרך שעבר הפליט בדרכו למדינת המקלט ולאופן הגעתו. מעבר במדינה אחרת או במספר מדינות לפני הגעתו למדינה בה הוא מבקש מקלט, אינה שוללת את היותו של אדם "פליט", ואינה מפחיתה מחובות מדינת המקלט. ייתכנו מצבים בהם החזרת פליט למדינה שדרכה עבר לפני הגעתו למדינה בה ביקש מקלט תהיה מותרת לפי הדין הבינלאומי. אולם לשם כך נדרש כי המדינה אליה הוא מועבר לא תחזיר אותו למדינת מוצאו או למדינה אחרת העלולה להחזירו לשם; כי תהיה לאדם אפשרות לבקש מקלט באותה מדינה ולקבל בה הגנה הולמת אם יוכר כפליט; וכי יישמרו בה יתר זכויות האדם הבסיסיות שלו. כידוע, לרוב המדינות המערביות אין גבולות עם מדינות מהן מגיעים פליטים, ואף על פי כן הן מעניקות מקלט לרבים שעברו במדינות אחרות בדרך. אילו היה קיים כלל, שלפיו מדינה אינה חייבת להעניק מקלט למי שעבר בדרכו במדינה אחרת, כל הפליטים היו מתרכזים דווקא במדינות עניות, והעולם המערבי יכול היה להתנער לחלוטין מחובותיו להגן על פליטים.

רבים ממבקשי המקלט בישראל עברו במצרים, אולם לא זכו בה להגנה אפקטיבית. מבקשי מקלט במצרים נתקלו בתופעות של אלימות מצד הציבור והממשלה, נכלאו, ובשנים האחרונות מצרים אף החזירה בכמה הזדמנויות מבקשי מקלט סודנים ואריתראים למדינות מוצאם. בנוסף, מצרים אינה מעניקה לפליטים מוכרים זכויות בסיסיות, שהיא מחויבת להעניק להם לפי אמנת הפליטים. בשל כך המשיכו חלק ממבקשי המקלט את נדודיהם ממצרים לישראל. היום אין כל אפשרות להחזירם למצרים, הן משום שמצרים אינה מוכנה לקבלם לשטחה והן משום שהרשויות בישראל מכירות בכך שלא ניתן לבצע תיאום עם מצרים באופן שיבטיח כי לא תישקף סכנה לשלומם של המוחזרים.

מהו המעמד של מבקשי מקלט ושל פליטים במדינת ישראל?רוב מבקשי המקלט מקבלים רישיון ישיבה לפי סעיף 2(א)(5) לחוק הכניסה לישראל.מדובר ברישיון שניתן למי שהוצא עליו צו גירוש עד למועד הגירוש. הרישיון אינו מהווה אישור עבודה ואינו מעניק זכויות חברתיות, כגון שירותי בריאות וטיפול רפואי שאינו טיפול חירום. הממשלה הצהירה כי לא תעמיד לדין ולא תקנוס מעסיקים של מבקשי מקלט המחזיקים ברישיון ישיבה זה. כיום, משרד הפנים אינו מחדש רישיונות של מבקשי מקלט רבים והם מתבקשים להגיע למתקן "חולות" הממוקם בסמוך לגבול עם מצרים, כ-75ק"מ דרומית לבאר שבע. מבקשי מקלט מסתכנים במעצר ככל שאין ברשותם רישיונות ישיבה תקפים.

פליטים מוכרים מקבלים רישיון ישיבה מסוג א/5 (תושבות ארעית). רישיון ישיבה זה מקנה להם את הזכות לעבוד וכן זכויות סוציאליות בסיסיות, שלהן זכאים אזרחי ישראל מכוח חוק הביטוח הלאומי וחוק ביטוח בריאות ממלכתי. עם זאת, חשוב לדעת ששיעורי ההכרה בישראל הם אפסיים ונמוכים מאחוז אחד – מתוך 17,000 בקשות שהוגשו ו- 12,000 בקשות שנבדקו, רק 45 בקשות מקלט אושרו בשש השנים האחרונות. לשם השוואה, ברחבי העולם אחוזי ההכרה בפליטים סודנים עומד על כ-60% ובאריתראים כ-80%%.

(מתוך נתונים של משרד הפנים מחודש ינואר 2019)

זרים בישראל

עובדים זרים חוקיים – 98,214

עובדים זרים בלתי חוקיים – 16,230

תיירים ללא ויזה בתוקף – 66,700

מבקשי מקלט/ "מסתננים" – 33,627 (מתוכם, 72% מאריתריאה, ו-20% מסודן).

אנשים שנכנסו שלא כדין ("הסתננו") בשנים 2018-2017 – 0.